Como poder se puede si te empeñas, al final consigues algo que se ajuste bastante a lo que te gusta
El tema de la biblioteca también es cosa de las webs, cada uno le da el título que le sale del alma, por eso puedes tener dos carpetas con la misma serie.
También está el tema de kodi+thetvdb, que aunque sean dos carpetas con nombres diferentes te las mete en la misma lista, eso sí, si encuentra la serie, si no ha que meterla a mano.
Para ver los strm por carpetas debes entrar por Vídeo->Archivo e ir a la carpeta que quieras ver, verás que tienen la info.
En mi casa tenemos un pequeño apaño personal para que no nos machaque los enlaces de otras web cuando coincide en el título.
Se nos guardan como SERIES/Título/Canal/Archivos.strm
Para nosotros es muy cómodo y nos importa poco el que te separe o no las temporadas con su carátula to bonita
De todas formas se trendrá que esperar a la versión 4 y ver como ha planteado jesus el tema.